W 971 roku hrabia Lambert poprosił świętego Majola z Cluny o założenie opactwa w tym mieście w południowej Burgundii. W XII wieku mnisi benedyktyńscy zbudowali obecnie istniejący budynek, klejnot burgundzkiej sztuki romańskiej. Klasztor dotknęła Czarna Śmierć w latach 1346-1348, następnie wojna stuletnia, a w końcu wojny religijne. Wspaniała romańska bazylika została odrestaurowana w XIX wieku.
Wiek XVII to czas reformy katolickiej, a w 1609 roku w Paray-le-Monial otwarto przeorat jezuicki. W 1626 roku został założony przez matkę Joannę Franciszkę de Chantal klasztor wizytek. Zakon Wizytek został wówczas nowo założony przez św. Franciszka Salezego, a siostry opatrznościowo otrzymały imię Córek Serca Jezusowego. W 1632 roku siostry wizytki wymieniły swój budynek z ojcami jezuitami i przeniosły się na obecne miejsce klasztoru. Małgorzata Alacoque urodziła się 22 lipca 1647 roku w Verosvres, podczas gdy młody Ludwik XIV był już królem Francji. Do klasztoru wizytek w Paray-le-Monial wstąpiła 20 czerwca 1671 roku. Małgorzata Maria jest jedną z emblematycznych postaci tego miejsca ze względu na objawienia, które otrzymała od Pana, dotyczące Jego Najświętszego Serca. W 1686 roku siostry zaczęły realizować prośby Jezusa i wybudowały pierwszą kaplicę poświęconą Jego Najświętszemu Sercu. Uroczystość Najświętszego Serca, o które prosił Pan Jezus, odbywa się w trzeci piątek po Zesłaniu Ducha Świętego.
Wspólnota została później rozwiązana podczas rewolucji, ale powróciła w 1823 roku.
Życie zakonne św. Małgorzaty Marii naznaczone było wieloma wydarzeniami mistycznymi. Występują w jej życiu cztery etapy, w nich trzy wielkie objawienia:
Małgorzata Maria jako nowicjuszka była odpowiedzialna za pilnowanie osłów. Modląc się pod leszczyną, Jezus objawił jej, jak bardzo Jego męka była świadectwem Jego nieskończonej miłości do ludzi, i poprosił ją, by zjednoczyła się z Nim w ofierze własnych cierpień. Siostra przyjęła wówczas za przewodnika duchowego św. Franciszka z Asyżu.
Pierwsze wielkie objawienie miało miejsce 27 grudnia 1673 r. Jezus zaprosił Małgorzatę Marię, aby oparła głowę na jego piersi i wyznał jej: “Moje Boskie Serce tak płonie miłością ku ludziom, że nie może dłużej utrzymać tych płomieni gorejących, zamkniętych w moim łonie. Ono pragnie rozlać je za twoim pośrednictwem i pragnie wzbogacić ludzi swoimi Bożymi skarbami”.
Drugie objawienie miało miejsce w 1674 roku, gdy Małgorzata Maria modliła się przed Najświętszym Sakramentem. Jezus ukazał się jej w chwale ze swoimi pięcioma ranami jaśniejącymi jak słońca. Przypomina jej, jak daleko posunęła się jego miłość do ludzkości. Jezus prosi Małgorzatę Marię, o przyjmowanie komunii w każdy pierwszy piątek miesiąca, a w każdy czwartek wieczorem o łączenie się w modlitwie w Jego agonii w Ogrodzie Oliwnym, jest to Godzina Święta.
W 1675 roku, Chrystus objawił się po raz trzeci, ukazując swoje Serce i mówiąc: “Oto Serce, które ogromnie umiłowało ludzi, że niczego nie szczędziło, aż do zupełnego wyniszczenia Siebie, dla okazania im Swej miłości, a jednak w zamian za to doznaje od większości ludzi gorzkiej niewdzięczności”.
Dziś Paray-le-Monial jest domem wielu wspólnot zakonnych.
Przez cały rok w Paray-le-Monial odbywa się sztafeta modlitwy dla każdego. Kapelani i wierni na zmianę, nocą i dniem, modlą się przed Najświętszym Sakramentem wystawionym w kaplicy św. Jana. Przez cichą adorację wstawiają się za zbawieniem świata, pociechą dla cierpiących i w powierzonych im intencjach. Każdy może złożyć tutaj swoje intencje modlitewne, aby można było się za nie modlić w Paray-le-Monial.
Stowarzyszenie Miast Sanktuaryjnych we Francji organizuje konferencje i wizyty w Bazylice Najświętszego Serca Jezusowego w Paray-le-Monial.