El santo capuchino recurrió a la Virgen María durante toda su vida. Se sabe que tuvo apariciones de Jesús y de su ángel de la guarda a temprana edad. Es muy probable que haya tenido contacto con la Virgen María de la misma manera, aunque nunca lo dijo explícitamente.
De hecho, sobre la puerta de la habitación del Padre Pío en San Giovanni Rotondo estaba esta inscripción: "María es la razón de toda mi esperanza".
El Padre Pío confiaba en que siempre tenía la presencia de la Santísima Virgen cerca de él. Ella fue su apoyo en las recurrentes y feroces batallas que libró contra los demonios. Cuando estaba agotado por estos ataques violentos, el Padre Pío siempre decía "Ave María" con mucha gratitud.
Durante la Santa Misa, la Virgen María nunca dejó de respaldar a su devoto hijo, quien revivió la pasión de Jesús durante cada eucaristía; ella siempre permaneció a su lado.
Por ejemplo, el Padre Pío estaba especialmente unido a su Madre, la Santísima Virgen María, durante las persecuciones sufridas por el clero, las cuales le causaron demasiado sufrimiento. Su mayor pena era no poder dispensar los sacramentos a los fieles.
El Padre Pío permaneció incesantemente unido a su Madre a través del rosario. Este "hilo invisible", decía, conecta nuestros corazones al de María.
El rezo del Rosario era el centro de su relación con el Cielo. Durante una de sus experiencias místicas, Nuestra Señora le reveló al Padre Pío lo siguiente: "Con esta arma ganarás”. De hecho, él nunca dejó de rezar el Rosario y animó a todos sus hijos espirituales a hacer lo mismo, diciéndoles: "Recen el Rosario: recénlo todo el tiempo y tanto como sea posible", además el los motivaba diciendo: "amen a su Madre y hagan que la amen". Recen siempre el Rosario.”
El mismo Padre Pío fue sanado por Nuestra Señora de Fátima, cuya estatua había recorrido las ciudades italianas, y luego testificó que "todas las gracias pasan por sus manos".
El santo de San Giovanni Rotondo repetía a menudo: "Me gustaría tener una voz tan fuerte para invitar a los pecadores de todo el mundo a amar a Nuestra Señora. Ella es el océano que debemos cruzar para llegar a Jesús.”
El santo capuchino murió con el rosario en la mano; este fue el último testimonio que nos dejó a todos del infinito poder del rosario y de su rezo. Hasta su último aliento repitió los dulces nombres de Jesús y María, sus dos únicos amores.